首都医科大学原名北京第二医学院，建校于1960年9月12日。
1985年8月22日更名为首都医学院。
1986年8月27日 ，确定首医为市属重点院校。
1994年2月5日经教育部批准，更名为首都医科大学。
2001年2月12日北京联合大学中医药学院、北京医学高等专科学校和北京职工医学院并入首都医科大学。