2002年7月，经教育部和原国家计划发展委员会的严格审查和选拔，我校与北京大学、清华大学等36所高校共同被批准设立“国家生命科学与技术人才培养基地”。首都医科大学是北京市属高校中唯一的选中单位，也是36个基地点中唯一以培养临床高级医学人才为特色的基地。
2003年起，学校在“强化基础、整合临床”的学科建设方针指导下，以国家生命科学与技术人才培养基地为载体，启动了临床学科整合、建设、发展前所未有的大工程。学校以国家重点学科和北京市重点学科为先导，逐渐拓展到所有的临床学科，启动并逐步推进临床专科学院与学系的建设。以学校19所附属医院、21所临床医学院和10所教学医院的范围为主体，跨越医院的行政范畴，以优势临床学科所在医院的科室为挂靠基础，整合所有相同的临床学科科室，形成了体制隶属于学校，覆盖所有附属、教学医院的学科，又有重点牵头责任科室的全新学科平台，实现了临床学科建设体制的创新。
十余年来，学校已经建立了4个临床专科学院和34个临床专科学系，并分别于2012年上半年和2018上半年完成了各临床专科学院（系）的第二届和第三届换届调整工作。目前所有的临床专科学院（系）均已进入良性建设发展的轨道，构建了临床学科医、教、研、防为一体全面发展的稳固平台。
在创造性推进临床专科学院（系）体制建设的同时，为保证临床专科学院（系）的有效建设和运行，学校建立了临床专科学院（系）特殊、规范、有效的管理和运行机制。这些机制使临床专科学院（系）在学校的学科建设、队伍建设、教育教学与人才培养、临床服务和科学研究等方面发挥了巨大的作用，也取得了巨大的成绩。 临床专科学院（系）建设第一阶段（平台搭建阶段）的任务已经顺利完成，临床专科学院（系）的建设正进入到一个新阶段，在新的建设阶段，临床专科学院（系）将深入贯彻落实党的十九大精神，按照《首都医科大学学科建设发展规划》的部署，以科学发展观为指导，以转化医学理念为主线，以追求学术水平提升为目标，进一步解放思想、转变观念、协同创新、有效整合、强化建设、跨越发展，全面提升临床专科学院（系）范围内整体学科实力，为建设高水平研究型医科大学提供强大的学科支持。